Хоть и пользуюсь
Gnuplot, но, пусть будет: платформонезависимая библиотека
MathGL предназначена для построения широкого спектра графиков (кривых, поверхностей, поверхностей уровня и т.д.). и
UDAV — программа построения графиков и изображений на основе скриптового языка MathGL.